La Vicerrectoría de Investigación, Innovación de la Universidad Arturo Prat depende de la Prorrectoría, y su relación preferencial está sustentada en la relación con la sede y centros docentes y de investigación, las facultades, así como centros e institutos de investigación. Su propósito es generar proyectos de investigación, innovación, e iniciativas estratégicas en el área científica, tecnológica y de emprendimiento, que propendan al desarrollo de la comunidad en general.